La Nueva Prensa tiene como misión mantener vivo el periodismo de investigación y promover la defensa de los derechos humanos y ambientales, y de la libertad de prensa y expresión, como sentido de justicia. Nuestro objetivo es consolidar este medio de comunicación digital independiente, incluyente y diverso, que proporcione a la ciudadanía información oportuna, rigurosa y veraz, considerando los enfoques diferenciales, de género e interseccional en el análisis y difusión de la información. La Nueva Prensa enfoca sus esfuerzos, principalmente, en investigar las relaciones del poder político y privado en Colombia con organizaciones criminales nacionales y transnacionales de narcotráfico, lavado de activos, paramilitarismo, así como sus vínculos con crímenes de lesa humanidad y otros delitos. En las ocasiones que corresponde, las investigaciones publicadas en La Nueva Prensa son presentadas ante la justicia por parte de sus autores/as y sus representantes.
La Nueva Prensa apoya la difusión de libros, series y documentales para consumo digital en temáticas de memoria, verdad y justicia, medio ambiente, racismo y decolonialismo, derechos humanos y de reivindicación de los derechos de las víctimas y sobrevivientes del conflicto armado y del crimen narco-para-estatal. Entre los publicados por algunos de sus periodistas se encuentra el libro "Lo que no borró el desierto" de Diana López Zuleta. Los documentales "El río que se robaron. El exterminio de la nación Wayúu" y "Operación Jaque. Una jugada no tan maestra", del periodista y documentalista Gonzalo Guillén. El libro "ChuzaDAS. Ocho años de espionaje y barbarie" y el especial "El rastro del horror de los falsos positivos" en el canal digital Contrapoder del periodista Julián F. Martínez y la serie documental "Matarife. Un genocida innombrable", del abogado y escritor Daniel Mendoza Leal.
La Nueva Prensa ha publicado investigaciones de alta relevancia para el interés público, entre las que se encuentran, la 'Ñeñepolítica', una serie de más de 20 entregas en donde se exponen evidencias de compra de votos con dineros del narcotráfico y la criminalidad para la presidencia de Iván Duque en las elecciones de 2018. También, la revelación sobre el hermano de la vicepresidenta de Colombia Marta Lucía Ramírez, condenado por tráfico de heroína entre Estados Unidos, Centro América y Colombia; dato que había sido escondido por la vicepresidenta, a pesar de su extensa trayectoria en la función pública.Se han publicado también investigaciones sobre las relaciones comerciales y fraternas entre pilotos, conocidos por transportar narcóticos de mafias colombianas y del Cartel de Sinaloa, con el presidente Iván Duque, altos miembros de su gobierno, el ex presidente Álvaro Uribe Vélez y numerosos miembros del partido Centro Democrático, siendo incluso sus pilotos durante las últimas camapañas a presidencia y senado. En La Nueva Prensa se reveló también, que el tío carnal del candidato a Embajador de Colombia en Estados Unidos (y ex embajador en ese país durante la presidencia de Juan Manuel Santos), Juan Carlos Pinzón, fue condenado a cadena perpetua por narcotráfico en ese país hace más de dos décadas.