Su misión principal es comunicar la ciencia, la tecnología, las humanidades y la innovación de manera precisa, rigurosa y responsable. Apuesta por un chequeo de las informaciones y noticias que divulga, para incentivar el debate sobre el lugar y la importancia del sistema de ciencia y tecnología para los países de América Latina.
Además, varios científicos y divulgadores de otros países colaboran para este portal digital, como: Argentina, Perú, Alemania, Estados Unidos, España y Reino Unido.
Tiene varios reconocimientos.
El Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (CONACYT), durante la celebración por sus 20 años de vida institucional, premió a dos comunicadores científicos de Ciencia del Sur por la labor de difundir ciencia, tecnología e innovación. Eduardo Quintana, director ejecutivo del medio, recibió el Premio Periodista de Ciencia año 2017, mientras que Ariel Insaurralde Alviso, editor de ciencias naturales recibió un reconocimiento por su apoyo y aporte a la divulgación.
En el 2018 se alzaron con el Segundo Puesto, en la categoría "Mejor Fotografía", de la Segunda Edición del Premio Pablo Medina de Periodismo Ambiental, organizada por el Foro de Periodistas Paraguayos (FOPEP) y el Instituto de Derecho y Economía Ambiental (IDEA).
En 2024, recibió el Premio Nacional de Comunicación y Divulgación Científica, del CONACYT. Por un reportaje.
También logró otros premios, reconocimientos y becas.